De fleste velger å bokføre kompensasjonen som en inntekt, andre som en kostnadsreduksjon.
Har du valgt å bokføre kompensasjonen som en kostnadsreduksjon i det reviderte regnskapet, så er du låst av det når du igjen skal søke kompensasjon. Totale driftskostnader skal hentes fra revidert og godkjent regnskap ett år tilbake i tid, og det er ikke anledning til å justere driftskostnadene manuelt i søknaden for å "korrigere" kostnadsreduksjonen.
Vi gjør oppmerksom på at sentralledd og andre som videreformidler kompensasjon må innrette sin bokføring slik at videreformidlet kompensasjon ikke inngår i neste års søknadsgrunnlag. Dette kan løses med å bokføre mottatt kompensasjon til underledd og aksjeselskap som en kortsiktig gjeld.